针对小产权房问题，国务院日前已做出部署，责成国土资源部、住房和城乡建设部牵头，成立专门领导小组，负责小产权房的摸底和清理工作。国务院要求三点：
一是所有在建及在售小产权房必须全部停建和停售。
二是将以地方为主体组织摸底，对小产权房现状进行普查。
三是责成领导小组研究小产权房问题，拿出相关处理意见和办法。

参加本次全国国土资源工作会的河南省国土资源厅厅长张启生坦言，如何解决小产权房问题，是国土资源系统乃至地方政府面临的一道难题，“但不解决肯定是不行，我们在小组讨论的时候，就有地方国土局局长提出，是不是可以在符合规划的地区，探索在征收土地后补交土地出让金，按经济适用房政策发证，禁止上市交易的办法来进行处理小产权房”。

对于这一建议，国土部并未给出明确答复，但工作人员告诉记者，针对小产权房的清理，国土部已和地方政府达成初步意见，决定在今年对小产权房加大查处力度，对新近建设的小产权房项目坚决制止。此外，有关部门目前也在协商、研究相应的政策措施，考虑对已形成的小产权房项目，进行细致调研、区分类别、具体问题具体分析，对针对解决农民自身住房问题的项目和针对外售非农民居住需求问题的项目区别对待。
      就深圳小产权房来说，从2014年就开始严禁新建小产权房，实行小产权房零增长。到目前深圳已经没有新建的小产权房了，这点政府控制得比较好。而对于已经建好了的并且已售出的房子，相信政府也已有解决的办法了。比如现在深圳的城中村更新改造，在处理拆迁补偿上也做得比较人性化，该要钱的补钱，该要房的补房子。而城中村里的房子大多都是没有房产证的小产权房，买了这类房子的业主也得到了相应的补偿，在拆适旧改中做到皆大欢喜，其它城市也可以借鉴。