2009年9月1日,国土部下发《关于严格建设用地管理促进批而未用土地利用的通知》,再次向地方重申,坚决叫停各类小产权房。2010年1月31日,国土资源部表示将重点清理“小产权房”。2012年2月21日,国土部在“2011年房地产用地管理调控等情况”新闻发布表示,2012年起各地土地市场流标、流拍类现象须及时上报。同时将限期处理土地闲置等违法违规类案件,包括试点处理小产权房问题。2013年11月,十八届通过的《关于深化改革若干重大问题的决定》提出,在符合规划和用途管制前提下,允许农村集体经营性建设用地出让、租赁、入股,实行与国有土地同等入市、同权同价。《决定》提出的是改革的方向,包括土地制度改革的方向。
并没有谈及如何解决“小产权房”这样具体的问题。2013年11月22日,国土资源部、住房城乡建设部下发紧急通知,要求、正确地领会十八届关于建立城乡统一的建设用地市场等措施,严格执行土地利用总体规划和城乡建设规划,严格实行土地用途管制制度,严守耕地红线,坚决遏制在建、在售“小产权房”行为。由国土、住建两部委联合推进的小产权房整治只是针对正在建设、正在销售——也就是两年新增的小产权房,而对于更多的早已有居民入住的“存量”小产权房,由于历史情况复杂,有关部门将会区分不同的情况分类研究、分类处理。未来可能采取的主要办法,就是把部分符合一定条件的存量小产权房,通过补办相关手续,缴纳相应的税费之后,纳入廉租房、公租房、经济适用房、限价商品房等保障房系列内;
而对一些严重违反城市规划和土地利用规划,非法占用耕地和基本农田的,建筑设计施工质量存在严重问题的“小产权房”,则采取改建或者拆除的强制办法。原土地管理局规划司副司长郑振源认为,未来对小产权房的主要处理,无非就是转正和拆除两种措施。较为关键的是,需要尽快统一有关方面对十八届后关于“建立城乡统一的建设用地市场”的认识,在此基础上,再出台更为具体的措施,这样才能真正解决长期累积的小产权房问题。2014年3月10日下午,国土资源部部长姜大明接受记者提问时明确表示,不动产登记条例将于2014年6月份出台,并表示将尽快协调有关部门建立部际联席会议制度,加快组建不动产登记局,建立信息共享台。对于小产权房问题。